Игра частично похожа на своего трехмерного предшественника Worms 3D. По сравнению с другими играми серии, у Worms Forts: Under Siege изменен геймплей и тактика игры. В игре добавлены здания, которые игрок может построить и использовать для достижения победы. Цель игры — уничтожить всех червей противника или уничтожить вражеский Центр Города. Также все вооружение в игре делится на 5 рядов, от самого простого до самого мощного.

Каждый тип зданий требует определённого количества ключевых точек, обозначенных жёлтыми звёздами. Если определённое здание было подобрано из ящика, то его можно построить сразу. Если здание уничтожается, то на его месте временно образуется выжженная земля, на которой ничего построить невозможно.

Worms Forts стала первой игрой серии, в которой появилась возможность одевать червей своей команды, хотя подобрать им можно только головные уборы. Другие важные отличия от всех игр серии заключаются в неразрушимости ландшафта (здесь разрушаются только здания), прыжках с двойным сальто, возможности воскресить убитого червя, а также в отсутствии пасхальных яиц.