Короче поразмыслев, я пришел к выводу что нужно перестроить формат xom3d в другой. Итак в этом новом формате, объекты будут объединены в один mesh и отличаться будут ID материалом, dummy тоже остануться. без них нельзя.
Это сделает удобным редактирование и сохранение. Т.е. проподут глюки с матрицами трансформации.
Что касается анимации, то она реализована в виде кривых деформации, точно так же как и в 3dsmax поэтому перенос не составит труда. (но потребует времени и сил...)
В новый Xom3d добавиться анимационная часть.
Все это сделать - ужасно большой труд, поэтому не думаю что это будет скоро.
Так же планируется расшифровка костей и их принадлежность объектам. Для этого нужно понять устройство XJointTransform и XBone...
Подведя итоги, могу сказать, что как устроен xom ясно, но работа по всем этим изменениям меня пугает...